做穿刺由于是有创操作，仍然会对身体的穿刺部位造成物理损伤，而且穿刺部位的不同也有一定的不同风险。
穿刺在临床中是比较常用的诊断和治疗手段，比如当出现腹腔积液时可通过穿刺来明确腹腔积液的性质，并送化验室判断其初步的来源。如果是实体肿物，比如乳腺、甲状腺等可疑恶性肿物均可通过穿刺活检的方式来明确其性质。
由于穿刺是用穿刺针来进行，在穿刺的这条隧道上容易造成细小的损伤，尽管损伤的创面相对较小，但一旦触碰到特殊的神经、血管仍然有明显的并发症出现，尤其是血肿的出现。
如果是腹部穿刺，一旦下方有扩张的肠管还容易造成肠瘘等严重的外科急腹症的情况。在进行穿刺时由于还要注射麻醉药物，也有一定的麻药过敏和穿刺点感染的可能。
