脑血栓应注意与脑出血鉴别诊断，两者都会表现有半身不遂、口角歪斜、言语不利、肢体麻木乏力等临床症状。但在头部CT扫描中，脑出血可表现有一较亮的暗区。而脑血栓通常为暗性暗区。另外，也要与脑栓塞注意鉴别，两者的症状及不良后果基本类似，但形成原理并不同，脑栓塞多因身体其它部位栓子脱落后，随着颈动脉，一直到末梢脑血管，进而堵塞住脑血管所致，临床以心律失常、房颤等心脏栓子多见。