甲状腺肿的治疗分为内科治疗和外科治疗。对于良性的单纯性甲状腺肿，患者通过补充碘剂，甲状腺会逐渐恢复正常，这是内科治疗。对于毒性弥漫性甲状腺肿的治疗，需要内分泌科医生进行抗甲亢治疗，包括镇静剂及降心率治疗。如果这些治疗均没有效果，或患者经过治疗之后，甲状腺仍然较大，甚至压迫呼吸，就要采取碘-131治疗以及外科治疗。外科治疗切除的范围需根据患者要求以及甲状腺的大小确定，一般至少要保证甲状腺后被膜的甲状腺次全切，主要为保护患者的甲状旁腺及喉返神经不受干扰。甲状腺肿需由专科医生判定是否需要外科治疗，绝大部分甲状腺肿的患者仅需内科治疗，包括现在甲状腺结节的碘剂治疗，因为目前食用的均为加碘盐，缺碘引起的单纯性甲状腺肿比较少见。