流行性腮腺炎常见的并发症主要是有病毒性脑膜脑炎、急性胰腺炎、睾丸附睾炎、卵巢炎等。病毒性脑膜脑炎多发生于腮腺肿大后一周左右，主要表现是发热、头痛、呕吐、嗜睡、惊厥、抽搐或者是颈项强直等。急性胰腺炎的表现主要是中上腹的疼痛，还有压痛，伴有呕吐，有发热、腹胀、腹泻或者便秘等症状。青春期的儿童可以累及到性腺，男性的主要表现是睾丸附睾炎，也表现高热、寒战、头疼、恶心或者下腹疼痛。患侧的睾丸有的肿疼，伴有强烈触摸疼，阴囊临近皮肤有水肿，有发红表现，阴囊的鞘膜腔内也可以见黄色的积液。女性患者主要表现是卵巢炎，有发热、呕吐、下腰部的酸痛，下腹部轻压的疼痛，或者是月经周期性的失调等。其他的并发症，像心肌炎、肾炎、肝炎、乳腺炎、甲状腺炎，或者是血小板减少、关节炎等。眼睛的并发症有泪囊炎、巩膜炎或者虹膜睫状体炎、视乳头炎等严重的并发症。
