肺动脉血栓栓塞的病因主要是下肢静脉血栓，盆腔静脉血栓的形成。静脉血栓形成的主要原因是静脉血液的瘀滞，血管的损伤以及血液流变学的改变，血粘稠度增高。形成下肢静脉血栓的常见的危险因素有病人长期卧床、外伤、肿瘤、手术，口服避孕药、血液凝血因子等。

化验指标障碍的一些病人，包括一些遗传性疾病、一些系统性疾病，如免疫功能缺乏，红斑狼疮、类风湿等，都容易形成血液动力学的改变造成下肢静脉血栓的形成，从而导致肺动脉血栓栓塞。