宝宝肛周脓肿早期，建议吃消炎药，进行抗感染治疗。治疗的前提是医生评估局部脓肿是初期。还有中医中药方法，中药清热解毒，可以温水坐浴，能把早期炎症控制，使其缓慢的消退。
如果到了中期，脓肿形成，范围比较大，这时候就需要切开排脓，否则病情会进一步加重，甚至脓液中细菌毒素被吸收，会引起脓毒血症，引起小孩高烧、畏寒、发冷、发抖，可能有生命危险。
如果小孩肛周脓肿后期，脓肿破溃有脓流出，脓肿可能慢慢消退，这时就可以用外用的中药坐浴，脓肿就慢慢消退，这些都是保守治疗。后期还有可能形成肛瘘，可能会再次形成脓肿，或者早期形成脓肿之后，后期身体免疫力差，脓肿会再次发作。
