有些肛周脓肿可以自行破溃，自行破溃或者是手术切开以后形成肛瘘。形成肛瘘以后疼痛会缓解，有些病人因为疼痛症状减轻，加上畏惧手术，可能会选择保守治疗，拒绝进一步的手术根治。在这种情况下，肛瘘外口随着时间延长可能会愈合，但是内口和肛窦仍然存在。一旦肛瘘内口再次感染，可以引发肛周脓肿，手术是唯一的治疗方法。肛周脓肿和肛瘘复发率相当高，肛周脓肿和肛瘘根治术后，应该加强术后的饮食管理，养成良好的生活习惯，例如少吃辛辣刺激性食物、少喝酒、少吃牛肉、羊肉和海鲜等发物、保持肛门局部清洁、便后经常清洗，预防肛瘘和肛周脓肿的复发。
