由于胃肠间质瘤可以发生在人体消化道的任意部位，也就是可以长在食道、胃、十二指肠、小肠、结肠以及直肠，甚至于可以长在消化道外，通常称为非胃肠的间质瘤。因此，它的症状主要是由肿瘤不同部位所决定，比如生长在胃里的肿瘤，可以出现出血、幽门梗阻以及穿孔的表现。总体而言，胃肠间质瘤是缺乏特异性的，从患者的主诉或者表现来看，部分患者是消化系统的症状，比如腹部的疼痛、恶心、呕吐等不适的症状表现。当然也有部分患者是消化道的出血，比如出现呕血、黑便的症状就诊。但是总而言之胃肠间质瘤的症状是根据发生部位不同，有不同的临床表现和缺乏特异性，需要明确诊断，经过胃镜或者CT等进行帮助鉴别。