脑囊虫病经过规范、足疗程的治疗可以治好，具体的治疗方法要结合当时病情。如果患者有颅内压增高，可能要考虑使用激素以及手术治疗来降低患者的颅内压，譬如患者脑室内有囊虫，可以考虑手术治疗，癫痫患者可能还要给予抗癫痫治疗。
如果是有活的囊虫，可以选用吡喹酮、阿苯达唑等药物进行治疗。脑实质囊虫可以用驱虫药进行治疗，如果脑室内有比较大的囊，比如侧脑室、第三脑室等这些部位，必要时可以考虑手术治疗。对于蛛网膜下腔、脊髓等地方的囊虫，也要考虑药物治疗，必要时手术治疗。
对于脑囊虫病的治疗，除了用足量、足疗程的药物治疗之外，可能还要进行长程的神经系统影像学复查，要每隔6个月复查一次来观察是否有疾病复发、是否彻底治愈。
