如果巧克力囊肿手术以后复发建议选择手术治疗，继续切除。巧克力囊肿即子宫内膜异位囊肿，本身非常容易复发。子宫内膜应该长在内膜层，如果顺着输卵管到盆腔种植，尤其种植在卵巢上，形成陈旧性血包，颜色像巧克力，所以称为巧克力囊肿。
患者做手术的时候，会把囊肿剥除，剥除有可能不会去除病根，会有内膜通过月经血逆流，再到卵巢种植或者残留有活性的内膜细胞，会再次复发，越年轻的病人，雌激素水平越高，越容易复发。患者一旦复发长出囊肿，这个时候如果不去手术治疗，可能囊肿会越长越大，侵蚀剩下的卵巢，将来保持卵巢的几率就更小。巧克力囊肿有一定恶变几率，会变成恶性的透明细胞癌，所以建议手术治疗。行巧克力囊肿手术的患者应该定期复查，还可以适当用药，比如避孕药、GnRHa激动剂或者拮抗剂，降低雌激素，延缓或者降低复发几率。
