少数病毒引起的病毒性脑炎有特效药物，如疱疹病毒，而大多数病毒引起的病毒性脑炎均无较好的特效药物治疗。临床上治疗病毒性脑炎，可使用抗病毒的针对性药物，如疱疹病毒使用阿昔洛韦等药物，还可采用静脉输注丙种球蛋白，少数患者还需使用激素联合治疗。

在疗程结束以后，临床症状得到改善，脑脊液指标，影像学基本稳定，此时认为患者可以出院，出院以后不需要进行很多的巩固治疗，一般只需要使用改善症状的对症处理药物和神经保护剂进行治疗。