胃窦是食物通向小肠的非常重要的通道，胃窦脂肪瘤临床较少见。在出现内镜治疗手术之前，胃窦脂肪瘤如果不是引起胃窦部的梗阻性改变，且病变较小，不引起梗阻，则不需要进行治疗。
由于近些年内镜治疗技术进步，通过微创可近乎无创去除肿瘤。胃窦脂肪瘤在内镜下进行黏膜下的剥除，完整去除之后，出血量不多，症状也会立即消失。
因此胃窦脂肪瘤可以治疗，其治疗方法为微创进行黏膜下剥除。