尿道下裂现阶段预防较为困难，因为尿道下裂属于多因素、多基因遗传疾病，可为单纯尿道、阴茎缺陷，也可以为复杂性发育异常。病因较复杂，与胚胎学因素、基因遗传因素、内分泌等因素相关。

尿道下裂发生率约3‰，重度尿道下裂发生率逐年上升，可能与塑料使用较多及环境中雌激素影响相关。女性孕期保胎、孩子早产以及出生体重低，均可能为尿道下裂相关危险因素。