智力低下患儿的预后与引起智力低下的病因、智力落后的严重程度、发现和治疗的早晚有较大关系。一般后天因素引起的脑损伤，比如出生缺氧、生后的黄疸、颅内出血、惊厥等引起的智力落后，如果发现及时，及早干预康复治疗。由于发育早期的大脑可塑性和代偿能力较强，治疗效果较好。先天和遗传因素引起的智力低下，比如大脑先天畸形，巨脑回、小脑回、灰质移位，遗传的如21-三体综合征、天使综合症，预后会差些。即便是先天和遗传因素引起的智力低下，如果发现的早，采取积极的干预措施，孩子也能得到很好的康复。比如隐性遗传苯丙酮尿症，是一种可以引起严重智力低下的常染色体隐性遗传病，如果到1-2岁才发现，孩子的智力就很难恢复，如果通过新生儿筛查，在新生儿期得到诊断，给予低苯丙氨酸的特殊饮食和药物，再给予必要的康复随访，患儿长大后可以和正常人完全一样，学习、工作、生活。类似的像先天性甲状腺功能低下，如果3个月前发现，及时补充优甲乐，绝大多数患儿的智力也可完全正常。如果6个月以后才发现，虽然补充甲状腺素可以改善体格发育，但是智力仍然会严重受损。