对于尿道的尖锐湿疣，可以通过激光进行切除，但药物涂抹较为复杂。目前对于尿道口涂药通常需将干扰素涂抹到尿道口中，并应完善消毒措施，而且在涂药后需要挤压尿道时药物作用到湿疣表面，但通常效果不佳。对于此类患者可选择尿道灌药的方法，将5-氟尿嘧啶灌入尿道并作用于存在湿疣的部位。

尿道涂药的疗效不佳，且易引起尿道感染，并且患者自行涂抹药物的方法通常并不正确。若患者在医院涂抹药物，可以充分消毒后在尿道口涂抹抗病毒的药物，包括干扰素以及5-氟尿嘧啶等，存在一定的效果，但作用较为有限。