克罗恩病与溃疡性结肠炎不同，常见的溃疡性结肠炎只是黏膜的慢性炎症，很少是透壁性的，一般不会引起肛周、肠道瘘管。克罗恩病多是透壁性炎症，整个肠管全部都是炎症，所以容易引起瘘管，部分表现为肛瘘。研究发现克罗恩病的细胞间没有正常人的紧密连接，所以容易引起瘘管，克罗恩病的自然病程中有两个倾向：

1、形成狭窄；

2、穿透性，狭窄就容易引起肠管梗阻、穿孔，或者透壁性的炎症，更容易引起瘘管的形成，所以容易发生肠瘘、肛瘘。