克罗恩病一旦造成肛门狭窄，治疗就非常困难，具体如下：
1、如果是单纯的直肠狭窄，在直肠黏膜没有明显炎症的情况下，医生可采用切除前移黏膜瓣的方法，或者在内镜下对狭窄进行切开，直肠的狭窄就可解决，直肠部分可缓解狭窄情况，改善病人的排便情况；
2、如果是肛管狭窄，狭窄合并出现括约肌僵硬且造成大便失禁，则难以处理。克罗恩病、克罗恩病合并肛周病变，早期治疗非常重要，尽可能早期控制炎症。如果无法控制，出现肛门狭窄，能保守尽量就不做手术，通过局部的扩肛、药物抗炎，可在一定程度上改善。如果药物控制不好，才考虑外科手术治疗。
