大便时候肛门疼痛有以下几个原因：
1、长期有肛裂，这是一种慢性疾病，有肛裂的患者在大便时候，粪便及消化液会刺激肛内创面引起疼痛；
2、混合痔脱出，脱出以后混合痔的创面发生糜烂、感染，这样在大便的时候有粪便污染，也会引起疼痛；
3、先天因素，例如有肛门狭窄；
4、肛门过去是否有手术史，有手术史的肛门就会呈疤痕性挛缩，致使肛门狭窄，在用力大便的时候会刺激肛门的扩张损伤皮肤，引起剧烈疼痛。