灰指甲感染以后治疗相对较困难，因为指甲会增厚，原本较厚的角质物变得更厚或者破损，较厚的角质结构，针对水性、油性等外用药制剂均有较强的抵御作用，所以治疗效果较差，以前在没有较好的抗真菌治疗口服药物时，我们通常采用拔甲的方式治疗，即将指甲拔除，在指甲生长的过程中，不断的给予强效的外用抗真菌治疗药物，大部分患者也可治愈。目前有较好的口服抗真菌治疗药物，较常用的包括特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑，适合大部分患者使用，因为既可减少拔甲的痛苦，又可避免长期坚持外用敷药的繁琐，每天吃两粒药，或者每个月中只有一周服药即可。但是口服药物治疗也有缺点，现在所有的抗真菌治疗的口服药物都是通过肝脏代谢，肝病、慢性肝炎、活动性肝炎患者则无法使用。