慢性骨髓炎手术指征主要以下几点：
1、病灶周围软组织纤维瘢痕化、骨骼受侵蚀造成缺血坏死、骨质反复炎性增生、骨质硬化、髓腔封闭、脓液积聚和死腔形成等，机体免疫力和药物难以达到病灶的局部，为细菌潜伏和繁殖提供条件；
2、慢性窦道形成并长期存在，而且窦道长期存在，炎症反复刺激导致窦道周围皮肤产生癌变；
3、耐药菌株产生、混合感染等，难以筛选出有效抗菌药物，慢性骨髓炎病人往往在做细菌培养时，骨内细菌和窦道细菌不一致，所以在术中取样，不光在术前要取样，术中取样时还要做到术中多处取样，来达到选择敏感抗生素的目的。
基于以上原因，慢性骨髓炎治疗注定是以手术治疗和药物治疗相结合原则，如炎症急性发作时脓液引流不畅，导致全身中毒反应，急性炎症已控制，包壳骨形成后有室腔或者窦道，都建议手术治疗。
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