甲减可影响排卵，人体内分泌分为肾上腺轴、甲状腺轴、性腺轴，可相互影响。甲减可导致促甲状腺素或促甲状腺激素增高，从而影响患者排卵及月经。因此甲减可引起患者月经紊乱、月经过多或月经不调，且影响患者排卵。甲减常见原因为自身免疫性甲状腺炎，患者生殖系统也可有自身免疫性炎症，引发患者性腺轴激素紊乱，从而导致子宫内膜与卵巢等功能异常。

因此甲减为生殖医学专科与不孕不育专科必须排除的疾病，若患者患有甲减，应将甲减调节正常，方可进行不孕不育治疗。