正常的子宫内膜是生长在子宫腔内的，生长在子宫腔以外的部位统称为子宫内膜异位症。临床上最常见发生的部位是在卵巢，比如卵巢巧克力囊肿。发生子宫内膜异位症以后会引起病变，首先是对输卵管的影响，患有子宫内膜异位症的患者会发生盆腔严重粘连。导致输卵管和卵巢发生致密粘连，影响输卵管拾卵功能，从而影响精子和卵子相遇，导致不孕的发生。
发生子宫内膜异位症以后会分泌异常的因子，对于精子和卵子具有杀伤的作用，也会导致不孕的发生。子宫内膜异位症如果发生在卵巢上就是卵巢巧克力囊肿，会影响卵泡的正常发育，导致排卵障碍，也会引起不孕的发生。子宫内膜异位症会降低子宫内膜的容受性，子宫内膜容受性下降以后会影响胚胎的种植和发育，最后导致不孕的发生。