如果发生药流不全而且不进行清宫，可能会导致持续性的出血，甚至造成感染、继发不孕等后果。但是药物流产不一定非要清宫，药物流产有20%的失败几率，就是可能有1/5的患者会产生药流失败，这时需要进行清宫手术。80%左右的患者会药流成功，药流成功就不需要进行清宫手术操作，毕竟手术操作可能会对子宫内膜产生一定的损伤。
清宫手术把宫腔里残留的东西清出来，以防止造成再次出血、大出血，或者出血时间过长引起的逆行感染，逆行的感染可能就会导致子宫内膜炎、输卵管炎，影响到以后怀孕。如果药流清宫还有残留，可能会由于流血时间长、宫腔内组织物的残留而引起大出血现象，或者时间过长的流血引起宫腔感染，而宫腔的感染会逆行到输卵管、卵巢和盆腔，造成盆腔炎。这就会造成输卵管的堵塞，或者是半堵塞的状态，引起子宫内膜炎，可能会引起宫腔粘连。这样的情况下对以后的怀孕会产生一定的影响，而且盆腔炎还会导致腹痛甚至发烧，形成盆腔脓肿等不好的后果。
