目前没有抗HPV病毒效果最好的药，甚至目前没有一种药物可以有效的对抗HPV病毒的感染。与其他的病毒一样，包括流感病毒或者新冠病毒，目前都是没有一种特效的药物能够对抗病毒感染的。与细菌感染不同，细菌感染是可以有有效的抗生素，并且可以选择针对某种特定细菌的抗生素，可以得到确切的效果。

但是病毒感染到目前为止还没有研制出一种有效的抗病毒的药物，使用对于HPV感染有一定效果的药物，主要是针对比较年轻的女性，并且没有TCT也就是宫颈细胞学的异常，排除了宫颈癌和癌前病变的病人。如果只有单纯的HPV病毒感染，可以使用一些药物来进行相应的治疗，包括干扰素凝胶、生物蛋白凝胶或者使用光动力治疗。但是其实HPV病毒感染很多都是一过性的，大多数的女性都可以通过自身的免疫力将病毒清除，病毒可以自行清除的一个时间阶段，大约是八个月到一年左右。所以对于女性单纯HPV感染也可以暂时给予观察，半年到一年再复查，很多病人就会出现HPV病毒自行清除的结果。