药流虽不需要进行手术，也不会产生明显疼痛，但存在较大危害。部分患者可能1年进行3-4次药流，会对将来产生影响，因为进行药流患者比较年轻，通常会在30岁以后出现不孕症、盆腔炎等情况。药流的药物会对身体内分泌产生较大影响，同时错误或异常清理胚胎的过程，也会对身体造成较大伤害，可能导致盆腔炎症、输卵管堵塞等。
通常患者进行药流对将来再次怀孕也会产生影响，如患者数次进行药流，均由于意外怀孕导致，但结婚后想生育时，可能出现不易怀孕，通常属于药流后遗症。此外，患者需要注意药流后保证充分休息，尽量减少在药流当月进行性生活，让子宫充分得到休息，为以后再次怀孕做准备。
