一旦腹膜透析相关腹膜炎诊断明确，就应该立即开始抗感染治疗。抗感染治疗方式包括经验性治疗和后续治疗。腹膜透析相关腹膜炎的经验性抗感染治疗，所选用的抗生素应该覆盖格兰氏阳性球菌和革兰氏阴性杆菌。针对革兰氏阳性球菌，可以选择第一代头孢或者万古霉素，针对革兰氏阴性杆菌，可以选择氨基糖苷类药物，头孢他啶、头孢吡肟或第三代头孢，还有其它药物等。
腹膜炎推荐腹腔内使用抗生素，分为连续性给药或间歇性给药方式。后续治疗在获得腹透液微生物培养结果及药敏试验结果后，应立即根据检查结果调整抗生素使用。抗感染治疗至少需要两周，重症感染需要3周甚至更长时间。