半夜打喷嚏的可能原因如下：

1、保护性反射：如果半夜打喷嚏的情况只是偶尔发生，有可能是在半夜时机体受凉导致的喷嚏反射，促使机体寻求温暖的环境，此时身体会将伸出被子的手、脚缩入被子中，是人体进化过程中的一种保护机制，并非特殊的疾病问题；

2、过敏性鼻炎：如果患者总是在半夜时打喷嚏，且总是连续多个甚至在打完喷嚏后出现鼻塞、流清鼻涕的症状，此时应要警惕是否存在过敏性鼻炎。因为部分过敏性鼻炎患者的过敏原是灰尘或螨虫，而灰尘或螨虫等物质在被子上、床上大量存在，在睡觉时可能由于翻身或踢被子导致灰尘和螨虫漂浮出，当过敏原被吸入鼻腔后即可导致过敏性鼻炎的发作，引起阵发性喷嚏、鼻痒以及流清水样鼻涕，此时患者需要检查过敏原或去医院的耳鼻喉科检查是否存在过敏性鼻炎。