目前对于贲门癌的病因学尚不十分清楚，但并未存在明确的证据表明贲门癌具有遗传性。贲门肿瘤的易患因素包括胃食管的慢性疾病，如反流性食管炎、慢性胃炎或贲门失弛缓症等，但这些疾病通常是因为日常不良生活方式或不良饮食习惯导致。如部分患者喜食过热或过烫的食物，造成反复多次的食道黏膜被过热食物烫伤，而修复过程中出现修复过度，因此诱发食管肿瘤。
部分患者在外就餐频率较多，造成幽门螺杆菌感染，长期反复发作慢性浅表型胃炎或胃部糜烂，而糜烂伤口的修复过程由于反复不间断出现修复过度，从而引发恶性肿瘤。多数贲门食管恶性肿瘤患者，并不是由遗传原因造成，而是由家族共同的饮食习惯和不良生活习惯导致。若想减少食管癌、胃癌及贲门癌的发生，注意不良生活习惯和饮食习惯至关重要。
