复杂性肛瘘手术方式较多，如挂线疗法。挂线指外口切开，穿过括约肌部分挂线或挂橡皮筋，通过橡皮筋逐步或慢性切割，让瘘管逐步愈合，这种愈合对括约肌影响较小，引起术后瘘管畸形愈合及肛门畸形的可能性较少。其它手术有肛瘘切除、肛瘘切开、内口结扎及外口切除、排脓，均属于肛瘘手术。

不管什么样的肛瘘手术，需处理干净内口、炎症瘘管。注意功能性问题。因肛门功能保留或恢复对高位复杂性肛瘘很重要，不能为达到根治而忽略肛门功能保留，也不能为保留肛门局部功能而忽略肛瘘根治。