肛裂手术可以有后遗症，但绝大部分肛裂手术不会有后遗症，根据手术方式、肛裂创面深浅、肛裂位置而定。若患者为瘢痕体质，反复肛裂后或术后形成肛门瘢痕，可改变肛门形状，是肛裂手术后的后遗症之一。

也可能会有括约肌或不全性轻度肛门失禁，如排稀便时肛门括约肌不易关闭，多发生于括约肌侧切后手术。且肛裂手术后遗症有肛门口形状改变，或肛门口畸形等。