临床上碰到十几年肛瘘自己愈合的情况较少，但确实存在。其有不复发可能，尤其愈合后，如果创面两年以上不复发，则复发率可能会逐步减少。但部分人愈合后会复发，因局部愈合并不等于完全愈合。如外口愈合，外面皮肤不流脓、流血，也无分泌物，摸上去较平整，但其内存在窦道或瘘管，有时可能摸到硬硬的条索状东西，甚至稍微压仍会痛，这种肛瘘可能会复发。

对于无症状，且按压不痛，B超做出未局部积液情况，这种复发概率相对较小。