第二个脚趾疼痛的原因主要包括以下几种：

1、拇外翻：是由于大脚趾挤压第二个脚趾导致，当穿鞋过紧或鞋跟过高时，前脚掌受力增加，则会引起第二个脚趾局部的水肿，导致组织肿大而出现疼痛；

2、关节滑膜病变、水肿：如滑膜炎，包括类风湿性疾病、痛风性疾病导致的特异性滑膜炎，患者也可以出现足趾关节病变、破坏；

3、糖尿病：患者由于末梢循环不良或末梢神经破坏而出现脚趾疼痛，也是临床上引起局部疼痛的常见诱因；

4、其他原因：局部微循环障碍、局部神经受压，或行走、站立时间过长会使第二脚趾产生受压，引起足部组织劳损或水肿而出现疼痛以及关节退行性病变，如退行性滑膜炎、退行性关节炎等。