随着内镜和腹腔镜的发展，胃间质瘤手术选择方式较多。如果直径在2-3cm之内，可以选择胃镜下手术进行完整的间质瘤摘除，创伤比较小。对于5cm以上或者有癌变可能、向胃腔内生长的胃间质瘤，通过腹腔镜手术能够完整切除。

腹腔镜手术多数只需做胃局部切除，就能够得到有效治疗，恢复很快。肿瘤无论通过什么方式切除，均需进行病理检查，一个是明确性质，另一个是进行基因检测，以便使用靶向治疗药物格列卫进行治疗。