肛周脓肿与肛周囊肿，两个病很难予以进行比较，均有较轻、较严重情况，两者具体情况如下：

1、肛周脓肿：有不同类型，较轻的皮下脓肿，予以切开引流即可，严重肛周脓肿，高位肛周脓肿如骨盆脓肿、肛提肌上脓肿，可能反复治疗依然反复复发，对患者生命质量造成严重影响；

2、肛周囊肿：临床上并没有肛周囊肿的说法，可能包含很多类型疾病，比如肛周皮脂腺囊肿，不能跟肛周脓肿比较，皮脂腺囊肿予以切除，是门诊小手术，比较轻。如果是囊性包块、囊性占位病变，若为恶性则相当严重。还有一种位置比较深的囊肿，肛周的骶前囊肿，发作起来跟肛周脓肿相似，较多肛周脓肿病人反复复发，就可能是骶前囊肿所致。骶前囊肿位于脊柱前方，位置深在，如果需要手术则是大手术，需要对骶尾部绕过骶骨的切口，予以囊肿切除。

因此，很难用简单的一句话概括肛周脓肿或者(和)肛周囊肿哪个病更严重，两类类型的疾病，都有非常严重的这种情况，也有比较简单的情况。