睑板腺囊肿通常难以自愈，临床上有时会见到较小的囊肿出现逐渐消退的情况。但是总体而言，睑板腺囊肿达到完全自然消退仍较困难，多数人仍需通过手术解决问题。

如果囊肿生长到一定程度，如豌豆大小且存在时间较长，不可自行消退，则需要到眼科进行小手术，将囊肿清理干净后，能够促进睑板腺囊肿的消退，甚至恢复正常。如果囊肿较小且时间较短，通过热敷或消炎眼药水，也可以减轻其炎症反应，促进自然消退和吸收。