睑板腺囊肿手术后会留瘢痕多数没有瘢痕。睑板囊肿多数在眼睛里，使用夹子将眼皮翻开，在结膜面做切口进行手术，切口在眼皮内。因此手术结束后，皮肤表面没有瘢痕。

少数病人囊肿向皮肤里突破，囊肿的包块突出于皮肤表面，此时需要进行皮肤面切口，愈合后有轻微瘢痕，通常切口较为平直，并且顺着皮纹方向，手术切口的痕迹在一段时间后变淡。瘢痕体质的患者在手术后，瘢痕可能较为明显。