支原体肺炎首选的抗生素是大环内酯类药物，包括传统的红霉素，也包括新大环内酯类的药物，例如罗红霉素、阿奇霉素等。对于大环内酯类药物不敏感的患者，还可以选择呼吸喹诺酮类的药物进行治疗，主要包括左氧氟沙星、莫西沙星等。在治疗时要注意头孢类、青霉素类的抗生素对于支原体感染无效，因为此类抗生素作用的靶点都是病原体的细胞壁，而支原体是没有细胞壁的病原体。
所以在支原体感染时，可以选择大环内酯类抗生素，也可以选择呼吸喹诺酮类的抗生素，但首选的是大环内酯类的抗生素。但是需要注意的是我国目前肺炎支原体对于大环内酯类的抗生素的耐药率比较高，所以在选择用药时要慎重进行，密切的观察患者的状态，及时调整治疗。
