抠肚脐眼主要的危害是处理不当容易造成局部损伤，而导致局部感染，形成脐炎甚至脐周脓肿。肚脐眼是一个比较深邃的凹陷，如果病人较胖而开口较窄，在肚脐眼中很容易存有污垢，甚至积水、积液等，由于温暖、潮湿的环境容易让细菌滋生，如果不注意个人卫生，盲目扣除肚脐眼脏物，很容易造成局部娇嫩皮肤损伤，形成感染。

进行肚脐眼清理时，应注意用酒精、碘伏等消毒制剂，对肚脐眼内予以清洗、消毒，等污物柔软以后，再用柔软的棉签、纱布等轻轻擦拭肚脐内，这样既可以清除污物又可以避免损伤。由于肚脐眼开口较小，容易造成脐炎等情况，可以让肚脐眼较小的患者，用棉球填塞肚脐口，扩张肚脐眼开口，只要局部保持通风、干燥，很多脐炎可以很快控制。