神经性头疼在大部分情况下，核磁共振查不出。因为神经性头疼多数属于功能性原因，神经性头疼一般是指头部某一根神经的疼痛，前半头部属于三叉神经疼的范畴，后部分属于枕神经范畴，特点是发作性疼痛，发作间期病人可没有任何不适。多数情况下，核磁不能照出这两根神经，但可能提示两根神经潜在的病因。
1、三叉神经：可照出桥脑小脑角是否有病变，桥脑小脑角是许多三叉神经疼的重要原因，此外，脑干是否存在问题。三叉神经的低级中枢在脑干，即桥脑，某些桥脑病变，比如肿瘤、炎症、出血等，都会引起三叉神经疼，核磁可照出此类病灶；
2、枕神经：枕神经从颈椎发出，头部核磁或者颈椎核磁可能发现引起枕肌筋疼的颈椎病变，但神经本身不能直接发现问题，需要通过核磁结合神经分布、临床表现进行综合分析，才能判断病灶与神经疼间的关联。
