做无痛胃镜所使用到的麻醉药，会有相应的副作用。其一般是所谓的“牛奶”物质，也就是丙泊酚。它是一种起效比较迅速，作用时间比较短的静脉镇静药物。而所有的药物都会有其相应的副作用，丙泊酚虽然可以让病人产生非常安静、舒适的感觉，在整个手术操作过程不会有任何的不适。
但是它也有相应的副作用，如会对心率产生影响，会导致患者的心率减慢，或者血压有所下降，有的患者可能会出现一过性的呼吸抑制。一旦出现这种情况，只要给予相应的处理，如辅助呼吸、给予相应的升压或者提升心率的药物，在短时间之内症状就可以得到缓解，不会有生命危险。
