支原体肺炎属于临床比较常见的病，一般都可以痊愈，少数患者可能会出现肺不张的症状。肺不张与肺部黏液分泌多且清除不佳有关，在儿童中较多见。有的儿童咳嗽能力不是很强或身体比较虚弱，咳嗽咳不好，痰在肺里无法咳出，可能会引起肺不张。

另外，患者会出现较长时间咳嗽，气道高敏感反应，可能是支原体感染之后引起气道过敏，患有哮喘的患者出现这种情况会更加多见。有些患者还可能会出现肺外症状，如关节痛，主要是因为身体产生抗体，抗体沉积在关节中引起关节炎症，甚至会引起非常严重的急性溶血。