慢性咽炎通常不会加重IgA肾病，但如果是反复扁桃体感染，可能导致病人出现IgA肾病加重，甚至出现肉眼血尿等。如果确定病人扁桃体感染与IgA的肉眼血尿有关，可能会推荐切除扁桃体，减轻对病人肾脏的伤害。

IgA肾病的发病机制目前还不明确，有可能与免疫因素有关，免疫因素中较常与感染有关系。感染可以是细菌感染，也可以是病毒感染，甚至可以是原虫感染等，感染会激活人体免疫系统而导致免疫紊乱，从而出现IgA肾病，是其可能的发病机制。慢性咽炎是咽喉部的慢性炎症，可能与细菌感染有一定关系，但是一般不会加重IgA肾病病情，但除外扁桃体感染的情况。