C肽和胰岛素的关系非常密切，是从胰岛β细胞同时分泌出来，即分泌多少胰岛素也会分泌多少C肽，两者在血中的浓度应该是等比例。但胰岛素经过门脉系统进入肝脏会有首过效应，会损失到50%，而C肽水平在血中相对比较稳定，所以可能会用C肽反映基础的胰岛功能状态。

有些患者使用胰岛素治疗后，因为正常测定很难鉴别，到底是自己生成还是外源注射的胰岛素。通过测定C肽水平，就可以更好了解胰岛β细胞的功能状态，因为这时血中的胰岛素不能更好反映胰岛状态，可能C肽的意义更加明确。

对于大多数人，C肽和胰岛素水平非常密切，两者捆绑在一起由β细胞分泌。基本可以反映正常人β细胞的分泌状态，可以反映基础胰岛功能，包括给予负荷后基础胰岛功能有多大的释放能力，来反映胰岛功能状态。