反流性食管炎是一种炎症，但和细菌感染引起的炎症不同，所以患者所服消炎药不是抗菌素。当有反流性食管炎时，主要针对炎症的药物是抑酸剂，临床上使用最多的是PPI类药物，包括艾司奥美拉唑、奥美拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑等。目前接近90%的患者通过使用抑酸药可有效控制症状，使溃烂黏膜得到愈合。

部分患者经过药物治疗后效果不佳，目前有一种新型抑酸药物，即伏诺拉生，抑酸效果比临床常用的PPI类的抑酸药更强。但是毕竟其临床使用时间不长，是否可以长期使用还需临床上进一步观察。除用抑酸药外，还可加用食管黏膜保护剂和促进胃肠运动的药物，对反流性食管炎均有帮助。