吉兰-巴雷综合征是免疫介导疾病，危险之处在于累及呼吸肌，影响患者通气，可以致命。在过去急性期患者死亡的主要原因是累及呼吸肌，死亡率可达30%。

在最近几十年，我国医疗卫生条件大幅改善，因为呼吸肌受累而导致的死亡率已经下降到5%。患者瘫痪经过急性期的药物治疗、免疫治疗、营养治疗以及后续康复治疗，绝大多数患者预后较理想。