药流主要是通过子宫收缩把妊娠组织排到宫腔以外，疼痛程度类似于痛经，一般都能够忍受，没有到绝对不能忍的程度，但是也会有疼痛的感觉。因为通过子宫收缩才能把宫口扩张，将妊娠组织排出体外。但是目前药流不作为推荐的首选流产方法，因为药流存在10%的失败率或者残存率。如果组织有残留会有出血时间的延长，从而导致继发感染、月经不调，对再次妊娠会有影响。
药物流产往往比人工流产伤害更大，现在人工流产做手术可以选择无痛流产，也就是进行麻醉下的手术。一方面，手术的痛苦会在很大程度上降低；另一方面，人工流产比药物流产更可控。出血时间和术后并发症的发生概率也比药物流产更低，所以推荐人工流产。
