原发性肝细胞癌的肿瘤标志物过去常规使用AFP甲胎蛋白。甲胎蛋白是一个古老的肿瘤标志物，它的特异性相对较差。

目前研究发现AFP中有一些不同的异质体，其中有一个叫做AFP-L3，特异性相对比AFP更高，它是特异性的肝细胞癌癌细胞来源的一个肿瘤标志物诊断肝脏肿瘤相对比较容易，因为它比较表浅，有B超等手段可以检查。

肿瘤标志物AFP是应用比较广泛的一个筛查手段，过去我国人群的乙型肝炎和丙型肝炎感染率较高，这些肝炎是肝细胞癌诱发的一个重要的因素，所以要重视肝癌的早期发现。体检时，综合AFP、AFP-L3以及B超等手段，可以早期发现肝癌。