胚胎停止发育多见于孕早期流产，流产的原因包括以下几个方面：

1、比较常见是胚胎本身因素，大约有50%-60%是因为胚胎或胎儿染色体发生异常导致流产，染色体异常又包括数目异常和结构异常；

2、母体因素导致流产，比如孕妇有全身感染性疾病并发高热或者病毒感染、心率衰竭、高血压、严重营养不良等，都可导致胚胎停止发育。孕妇有内分泌功能异常，如黄体功能严重不足，甲状腺功能低下未纠正，严重糖尿病血糖未控制亦可导致胚胎停止发育。孕妇子宫异常，如纵隔子宫、宫腔粘连、子宫黏膜下肌瘤等疾病都可以使宫内空间受限，从而影响胚胎发育，最终导致胚胎停止发育。还有孕妇过量吸烟、酗酒等，也会影响胎儿宫内发育。此外孕妇接触过量甲醛等化学物质时也可以导致胚胎停止发育，免疫功能异常也是导致胚胎停止发育原因。免疫功能异常包括自身免疫功能异常和同种免疫功能异常，因为妊娠是同种异体移植过程，反复免疫性流产是造成胚胎停止发育的重要原因；

3、父亲因素，有研究证实精子染色体异常也可导致自然流产；

4、环境因素，过多接触放射线和有毒化学物质都可能会导致流产发生。