呼吸科主要针对下呼吸道疾病做出诊断和治疗。呼吸道分为上呼吸道和下呼吸道，上呼吸道包括鼻、咽、喉等器官，而下呼吸道包括气管、支气管和肺脏。呼吸科主要诊断气管、支气管和肺脏的疾病。通常普通感冒或上呼吸道感染也需就诊于呼吸科。

若患者出现过敏性鼻炎或急性扁桃体炎，通常可以就诊于耳鼻喉科。所以呼吸科主要针对呼吸道疾病做出诊断和治疗，尤其是下呼吸道疾病。而上呼吸道疾病，如上呼吸道感染可在呼吸科治疗。通常急性扁桃体炎可以在呼吸科就诊，也可在耳鼻喉科进行就诊。