舌咽神经痛主要就诊神经外科，尤其是功能神经外科和疼痛科。舌咽神经痛是局限于舌根、咽后壁、外耳道的发作性剧烈疼痛，主要病因是舌咽神经和迷走神经根部受血管压迫、局部神经与蛛网膜粘连或者肿瘤压迫。因此，舌咽神经痛首先应就诊神经外科。

经过症状分析、相关检查确诊为肿瘤压迫，可在神经外科进行肿瘤切除手术，术后疼痛症状会自然消失。如果没有肿瘤压迫，经过特殊磁共振扫描确定为血管压迫，病史较长，疼痛剧烈，严重影响患者生活、工作，可在神经外科做舌咽神经和迷走神经减压术。患者年龄较大或其它身体因素不适合减压术，可以到疼痛科进行射频毁损术，缓解症状。